I přes obtížné podmínky, které v první polovině 17. století v průběhu třicetileté války a po ní v českých zemích panovaly, se i v Česku začíná postupně s určitým zpožděním několika desetiletí prosazovat barokní sloh, se kterým ruku v ruce přichází rekatolizační snahy Habsburků. Podporována je výstavba nepřeberného množství katolických chrámů, a ty bylo potřeba také naplnit hudbou. Duchovní a varhanní hudba je těžištěm tvorby převážné většiny českých skladatelů tohoto období:
Významných představitelem přechodu mezi renesancí a barokem je skladatel, básník a vzdělanec Adam Václav Michna z Otradovic (1600?-1676). Snažil se aktivně bojovat proti úpadku a pokleslosti kulturního života v období po bitvě na Bílé hoře (1621), po které ze země odešla velká část evangelických intelektuálních i kulturních elit. Svou neúnavnou prací se stal iniciátorem nového rozmachu české barokní hudby a vzorem pro další generace skladatelů. Michna komponoval v italském raně barokním slohu, užívá však často i prvky renesanční. Z dochovaným 230 skladeb je valná většina duchovní povahy. Kromě latinských textů s oblibou zhudebňoval i vlastní česky psanou poezii.
Významnou postavou středního baroka je skladatel Pavel Josef Vejvanovský (1640-1693). Působil jako dvorní trubač, varhaník a později i jako vedoucí ve dvorní kapele olomouckého biskupa. Psal jak světskou instrumentální hudbu (především pro dechové (žesťové) nástroje), tak i hudbu pro chrámové účely. Celkem se dochovalo kolem 120 skladeb. Kompozičně vychází z modálních principů doplněnými bohatou melodikou se zřetelnými lidovými kořeny moravské hudby.
Kolegou Pavla Vejvanovského v olomoucké kapele byl dva roky česko-rakouský skladatel Heinrich Ignaz Franz Biber (1644-1704). Záhy však odešel do Rakouska, kde získal místo kapelníka salzburského arcibiskupského dvorního orchestru. Psal především instrumentální skladby (sonáty) a duchovní hudbu.
Nejvýznačnějším autorem barokního období je bezesporu Jan Dismas Zelenka (1679-1745). Hudební vzdělání obdržel Zelenka v Praze, již v roce 1710 však odešel do Drážďan, kde ve službách tamního knížecího dvora jako kontrabasista a později i jako dvorní skladatel strávil celý svůj umělecký život. Kvalitou svých nekonvenčních děl je často srovnáván i J. S. Bachem. Ve své tvorbě se Zelenka věnoval především velkým duchovním vokálně-instrumentálním formám. Dodnes se dochovalo přes 250 skladeb.
Klassik
Obsazení: housle
Noty
Číslo položky: 551445
für Trompete und Klavier
Obsazení: trubka, klavír
Noty
Číslo položky: 598167
Obsazení: tuba (in Es), klavír
Noty
Číslo položky: 1292531
Obsazení: tuba (in B), klavír
Noty
Číslo položky: 1292530
Obsazení: kytara
Noty
Číslo položky: 1113849
Obsazení: kytara
Noty
Číslo položky: 1113799
Musica Rara
Obsazení: 2 trubky, klavír
Klavírní partitura, sólový hlas
Číslo položky: 147315
Originally Sonata a 7
Obsazení: 2 trubky, lesní roh, pozoun, tuba (kvintet)
Partitura, hlasy
Číslo položky: 996481
Obsazení: housle, basso continuo
Partitura, hlasy (Urtext)
Číslo položky: 549172
op. 10/1
Obsazení: cembalo [klavír], smyčcový orchestr
Streicher-Ergänzungssatz
Číslo položky: 205236
Fidicinium Sacro-profanum. Zwölf Sonaten für Streicher u. Basso continuo
Obsazení: 2 housle, 2 violy, violon, basso continuo
Sada hlasů
Číslo položky: 305166
"Das liederliche Schwärmen der Musquetirer, Mars, die Schlacht, Undt Lamento der Verwundten, mit Arien imitiert Und Vbaccho dedicirt"
Obsazení: smyčce, basso continuo
Sada hlasů
Číslo položky: 183577
Klavierauszug
Obsazení: flétna, klavír
Klavírní partitura, sólový hlas
Číslo položky: 178604
Obsazení: 2 Violinen (Violoncello ad libitum) und Klavier
Číslo položky: 194348
Edition Immer
Obsazení: 2 TRP 2 VL 4 VA BC
Číslo položky: 262284
Werke für Streicher u. Basso continuo
Erstdruck
Obsazení: 2 housle, 2 violy, violon, basso continuo
Partitura
Číslo položky: 304853
Obsazení: flétna, klavír
Číslo položky: 200340
Wiener Edition Alter Musik
Obsazení: sóla, smíšený sbor, orchestr
Partitura
Číslo položky: 209753
für Streicher und Basso continuo
Obsazení: 2 housle, 2 violy, violon, basso continuo
Partitura
Číslo položky: 304823
Fidicinium Sacro-profanum. Zwölf Sonaten für Streicher (2 Vl Va Violone) u. Basso continuo
Obsazení: 2 housle, 2 violy, violon, basso continuo
Sada hlasů
Číslo položky: 305168
für Klavier u. Orchester
Part. = Solostimme
Obsazení: cembalo, orchestr
Partitura
Číslo položky: 269138
à 26 in concerto
Obsazení: smíšený sbor (SSAATTBB), orchestr, varhany
Samostatný hlas varhany
Číslo položky: 237221
à 26 in concerto
Obsazení: smíšený sbor (SSAATTBB), orchestr, varhany
Housle 1 (orchestrální part)
Číslo položky: 237215
Praeclassica
Obsazení: flétna, orchestr
Samostatný hlas
Číslo položky: 421601
from Orchestral Trio in Bb
for Woodwind Quartet
RUNDEL La Musica Boema
Obsazení: 4 dřevěné dechové nástroje (kvartet)
Partitura, hlasy
Číslo položky: 1560203
Studienpartitur
Obsazení: symfonický orchestr
Kapesní partitura
Číslo položky: 1343992
Obsazení: varhany
Číslo položky: 457033
Obsazení: Gemischter Chor (SATB) 2 Violinen, 2 Posaunen, (Viola da gamba) Basso continuo
[latein, deutsch]
Číslo položky: 463156
für 2 Violinen und Basso continuo
Obsazení: 2 housle, basso continuo
Sada hlasů
Číslo položky: 432829
Obsazení: 2 trubky
Číslo položky: 433486
Denkmaeler Der Musik In Salzburg Bd 3 (Faksimile) (Facsimile)
Obsazení: housle
Číslo položky: 336187
Stimmen für Horn in Es, Trompete in Es und B
Urtextausgabe
Obsazení: trubka [lesní roh], smyčce, basso continuo
Partitura, hlasy (Urtext)
Číslo položky: 683950
Obsazení: kontrabas, klavír [varhany]
Noty
Číslo položky: 1568587
Obsazení: flétna, klavír [varhany]
Noty
Číslo položky: 1568585
Das liederliche Schwärmen der Musquetirer, Mars, die Schlacht, Undt Lamento der Verwundten, mit Arien imitirt Und Baccho dedicirt
Obsazení: smyčce, basso continuo
Partitura
Číslo položky: 282586
Obsazení: Violine und Streichorchester; 2 Hörner ad libitum
Stimmensatz
Číslo položky: 211121
Includes Demontration and Backing Tracks Online
Music Minus One
Obsazení: klarinet
Noty, online audio
Číslo položky: 209004
für Viola, Streicher und Basso continuo
Stimmensatz
Obsazení: viola, smyčce, basso continuo
Sada hlasů
Číslo položky: 682534
Obsazení: smíšený sbor, smyčce, basso continuo
Partitura
Číslo položky: 1160777
Edition Immer
Obsazení: 6 TRP PK
Číslo položky: 262287
Denkmaeler Der Musik In Salzburg (Faksimile) (Facsimile)
Obsazení: housle, basso continuo
Číslo položky: 362045
Obsazení: varhany, orchestr
Sada hlasů
Číslo položky: 460219
Obsazení: 5 Blockflöten (SSATB) 5 Streicher, Basso continuo
Partitura
Číslo položky: 607404
Fidicinium Sacro-profanum. Zwölf Sonaten für Streicher u. Basso continuo
Obsazení: 2 housle, 2 violy, violon, basso continuo
Partitura
Číslo položky: 304844
Wiener Edition Alter Musik
Obsazení: 4 sólové hlasy (SATB), smíšený sbor (SATB), orchestr, varhany
Partitura
Číslo položky: 310565
Sacred music from Salzburg
Obsazení: 5 sólových hlasů (SSATB), smíšený sbor (SSATB), orchester, basso continuo
Sada hlasů dechové nástroje, tympány
Číslo položky: 1669152
Das liederliche Schwärmen der Musquetirer, Mars, die Schlacht, Undt Lamento der Verwundten, mit Arien imitirt Und Baccho dedicirt
Obsazení: smyčce, basso continuo
Housle 2 (orchestrální part)
Číslo položky: 672675
Süddeutsche Weihnachtsmusik Band 10
Obsazení: sóla, smíšený sbor, orchestr
Sborová partitura
Číslo položky: 218509