I přes obtížné podmínky, které v první polovině 17. století v průběhu třicetileté války a po ní v českých zemích panovaly, se i v Česku začíná postupně s určitým zpožděním několika desetiletí prosazovat barokní sloh, se kterým ruku v ruce přichází rekatolizační snahy Habsburků. Podporována je výstavba nepřeberného množství katolických chrámů, a ty bylo potřeba také naplnit hudbou. Duchovní a varhanní hudba je těžištěm tvorby převážné většiny českých skladatelů tohoto období:
Významných představitelem přechodu mezi renesancí a barokem je skladatel, básník a vzdělanec Adam Václav Michna z Otradovic (1600?-1676). Snažil se aktivně bojovat proti úpadku a pokleslosti kulturního života v období po bitvě na Bílé hoře (1621), po které ze země odešla velká část evangelických intelektuálních i kulturních elit. Svou neúnavnou prací se stal iniciátorem nového rozmachu české barokní hudby a vzorem pro další generace skladatelů. Michna komponoval v italském raně barokním slohu, užívá však často i prvky renesanční. Z dochovaným 230 skladeb je valná většina duchovní povahy. Kromě latinských textů s oblibou zhudebňoval i vlastní česky psanou poezii.
Významnou postavou středního baroka je skladatel Pavel Josef Vejvanovský (1640-1693). Působil jako dvorní trubač, varhaník a později i jako vedoucí ve dvorní kapele olomouckého biskupa. Psal jak světskou instrumentální hudbu (především pro dechové (žesťové) nástroje), tak i hudbu pro chrámové účely. Celkem se dochovalo kolem 120 skladeb. Kompozičně vychází z modálních principů doplněnými bohatou melodikou se zřetelnými lidovými kořeny moravské hudby.
Kolegou Pavla Vejvanovského v olomoucké kapele byl dva roky česko-rakouský skladatel Heinrich Ignaz Franz Biber (1644-1704). Záhy však odešel do Rakouska, kde získal místo kapelníka salzburského arcibiskupského dvorního orchestru. Psal především instrumentální skladby (sonáty) a duchovní hudbu.
Nejvýznačnějším autorem barokního období je bezesporu Jan Dismas Zelenka (1679-1745). Hudební vzdělání obdržel Zelenka v Praze, již v roce 1710 však odešel do Drážďan, kde ve službách tamního knížecího dvora jako kontrabasista a později i jako dvorní skladatel strávil celý svůj umělecký život. Kvalitou svých nekonvenčních děl je často srovnáván i J. S. Bachem. Ve své tvorbě se Zelenka věnoval především velkým duchovním vokálně-instrumentálním formám. Dodnes se dochovalo přes 250 skladeb.