I přes obtížné podmínky, které v první polovině 17. století v průběhu třicetileté války a po ní v českých zemích panovaly, se i v Česku začíná postupně s určitým zpožděním několika desetiletí prosazovat barokní sloh, se kterým ruku v ruce přichází rekatolizační snahy Habsburků. Podporována je výstavba nepřeberného množství katolických chrámů, a ty bylo potřeba také naplnit hudbou. Duchovní a varhanní hudba je těžištěm tvorby převážné většiny českých skladatelů tohoto období:
Významných představitelem přechodu mezi renesancí a barokem je skladatel, básník a vzdělanec Adam Václav Michna z Otradovic (1600?-1676). Snažil se aktivně bojovat proti úpadku a pokleslosti kulturního života v období po bitvě na Bílé hoře (1621), po které ze země odešla velká část evangelických intelektuálních i kulturních elit. Svou neúnavnou prací se stal iniciátorem nového rozmachu české barokní hudby a vzorem pro další generace skladatelů. Michna komponoval v italském raně barokním slohu, užívá však často i prvky renesanční. Z dochovaným 230 skladeb je valná většina duchovní povahy. Kromě latinských textů s oblibou zhudebňoval i vlastní česky psanou poezii.
Významnou postavou středního baroka je skladatel Pavel Josef Vejvanovský (1640-1693). Působil jako dvorní trubač, varhaník a později i jako vedoucí ve dvorní kapele olomouckého biskupa. Psal jak světskou instrumentální hudbu (především pro dechové (žesťové) nástroje), tak i hudbu pro chrámové účely. Celkem se dochovalo kolem 120 skladeb. Kompozičně vychází z modálních principů doplněnými bohatou melodikou se zřetelnými lidovými kořeny moravské hudby.
Kolegou Pavla Vejvanovského v olomoucké kapele byl dva roky česko-rakouský skladatel Heinrich Ignaz Franz Biber (1644-1704). Záhy však odešel do Rakouska, kde získal místo kapelníka salzburského arcibiskupského dvorního orchestru. Psal především instrumentální skladby (sonáty) a duchovní hudbu.
Nejvýznačnějším autorem barokního období je bezesporu Jan Dismas Zelenka (1679-1745). Hudební vzdělání obdržel Zelenka v Praze, již v roce 1710 však odešel do Drážďan, kde ve službách tamního knížecího dvora jako kontrabasista a později i jako dvorní skladatel strávil celý svůj umělecký život. Kvalitou svých nekonvenčních děl je často srovnáván i J. S. Bachem. Ve své tvorbě se Zelenka věnoval především velkým duchovním vokálně-instrumentálním formám. Dodnes se dochovalo přes 250 skladeb.
Obsazení: trubka, smyčce, basso continuo
Stimmensatz
Číslo položky: 174325
für 6 Trompeten, Pauken u. Bc.
Erstdruck
Obsazení: 6 TRP PK BC
Partitura
Číslo položky: 180139
Obsazení: 5 sólových hlasů (SSATB), smíšený sbor (SSATB), orchester, basso continuo
Samostatný hlas varhany
Číslo položky: 642052
à 26 in concerto
Obsazení: smíšený sbor (SSAATTBB), orchestr, varhany
Viola 1 (orchestrální part)
Číslo položky: 237217
Das liederliche Schwärmen der Musquetirer, Mars, die Schlacht, Undt Lamento der Verwundten, mit Arien imitirt Und Baccho dedicirt
Obsazení: smyčce, basso continuo
Viola 1 (orchestrální part)
Číslo položky: 672677
transponierte Fassung in G-Dur
Obsazení: 4 trubky (in B), tympány, varhany; pozoun ad lib.
Noty
Číslo položky: 498683
für Trompete, Violine, 2 Violen, Violoncello und Basso continuo
Edition Immer
Reihe I: Werke aus Kremsier
Obsazení: trubka, smyčce, basso continuo
Partitura, hlasy
Číslo položky: 1351520
vom Ende des 18. Jahrhunderts bis zum Jahr 1945
Wiener Schriften zur Stilkunde und Aufführungspraxis – Sonderband
Kniha (softcover)
Číslo položky: 773193
Obsazení: housle, smyčce, basso continuo
Partitura
Číslo položky: 691240
Obsazení: 8 TRP PK BC
Partitura, hlasy
Číslo položky: 142224
Edition Immer
Reihe I: Werke aus Kremsier
Obsazení: trubka, varhany
Varhanní partitura, sólový hlas
Číslo položky: 1351469
für Violine (Traversflöte), Viola da gamba und Bass
(Komponist evtl. auch Johann Stamitz) - Teil der Ledenburg-Sammlung
Obsazení: housle, viola da gamba, basso continuo
Partitura, hlasy
Číslo položky: 664587
for soli, mixed chorus, 2 violins, 2 violas, 2 cornetti, 3 sackbutts, 4 trumpets, timpani and bc
Obsazení: sóla, smíšený sbor (SATB), nástroje
Partitura
Číslo položky: 615819
Zwei zweistimmige Divertissements für Violine solo
Neuedition und Faksimile
Obsazení: housle
Hráčská partitura (performance score)
Číslo položky: 643122
Obsazení: smíšený sbor; basso continuo ad lib.
Sborová partitura
Číslo položky: 314154
Edition Vieweg (Musikschätze vergangener Zeiten)
Obsazení: 2 hoboje, 2 lesní rohy, smyčce
Partitura
Číslo položky: 331401
Obsazení: 2 Singstimmen (SA) 2 Violinen, Violoncello, [2 Flöten 2 HRN) Basso continuo
Partitura, hlasy
Číslo položky: 469308
"Dresdner Konzert"
Obsazení: housle, klavír
Klavírní partitura, sólový hlas
Číslo položky: 419702
Ausgabe für Flöte und Klavier
Obsazení: flétna, klavír
Číslo položky: 121569
Obsazení: varhany
Číslo položky: 457030
Obsazení: trubka, smyčce
Partitura
Číslo položky: 372932
ChaB 50
Obsazení: smíšený sbor (SATB), basso continuo
Partitura (Urtext)
Číslo položky: 685618
Ciaccona für Violine und Generalbaß
Obsazení: housle, basso continuo
Partitura, hlasy
Číslo položky: 231561
Denkmaeler Der Musik In Salzburg~Einzelausgaben 5
Partitura
Číslo položky: 260999
für Soli, gem Chor und Orchester (1692)
Obsazení: 5 sólových hlasů (SSATB), smíšený sbor (SSATB), orchester, basso continuo
Partitura
Číslo položky: 642046
für Trompete und Klavier
Obsazení: trubka, klavír
Noty
Číslo položky: 598167
Obsazení: tuba (in Es), klavír
Noty
Číslo položky: 1292531
Obsazení: tuba (in B), klavír
Noty
Číslo položky: 1292530
Obsazení: kytara
Noty
Číslo položky: 1113799
Musica Rara
Obsazení: 2 trubky, klavír
Klavírní partitura, sólový hlas
Číslo položky: 147315
Originally Sonata a 7
Obsazení: 2 trubky, lesní roh, pozoun, tuba (kvintet)
Partitura, hlasy
Číslo položky: 996481
op. 10/1
Obsazení: cembalo [klavír], smyčcový orchestr
Streicher-Ergänzungssatz
Číslo položky: 205236
Obsazení: kytara
Noty
Číslo položky: 1113849
Klavierauszug
Obsazení: flétna, klavír
Klavírní partitura, sólový hlas
Číslo položky: 178604
Obsazení: 2 Violinen (Violoncello ad libitum) und Klavier
Číslo položky: 194348
"Das liederliche Schwärmen der Musquetirer, Mars, die Schlacht, Undt Lamento der Verwundten, mit Arien imitiert Und Vbaccho dedicirt"
Obsazení: smyčce, basso continuo
Sada hlasů
Číslo položky: 183577
Fidicinium Sacro-profanum. Zwölf Sonaten für Streicher u. Basso continuo
Obsazení: 2 housle, 2 violy, violon, basso continuo
Sada hlasů
Číslo položky: 305166
Klassik
Obsazení: housle
Noty
Číslo položky: 551445
For the Piano
Obsazení: klavír
Noty
Číslo položky: 316169
Obsazení: housle, basso continuo
Partitura, hlasy (Urtext)
Číslo položky: 549172
Edition Immer
Obsazení: 2 TRP 2 VL 4 VA BC
Číslo položky: 262284
Werke für Streicher u. Basso continuo
Erstdruck
Obsazení: 2 housle, 2 violy, violon, basso continuo
Partitura
Číslo položky: 304853
Obsazení: flétna, klavír
Číslo položky: 200340
für Klavier u. Orchester
Part. = Solostimme
Obsazení: cembalo, orchestr
Partitura
Číslo položky: 269138
für Streicher und Basso continuo
Obsazení: 2 housle, 2 violy, violon, basso continuo
Partitura
Číslo položky: 304823
Fidicinium Sacro-profanum. Zwölf Sonaten für Streicher (2 Vl Va Violone) u. Basso continuo
Obsazení: 2 housle, 2 violy, violon, basso continuo
Sada hlasů
Číslo položky: 305168
Wiener Edition Alter Musik
Obsazení: sóla, smíšený sbor, orchestr
Partitura
Číslo položky: 209753
à 26 in concerto
Obsazení: smíšený sbor (SSAATTBB), orchestr, varhany
Samostatný hlas varhany
Číslo položky: 237221