I přes obtížné podmínky, které v první polovině 17. století v průběhu třicetileté války a po ní v českých zemích panovaly, se i v Česku začíná postupně s určitým zpožděním několika desetiletí prosazovat barokní sloh, se kterým ruku v ruce přichází rekatolizační snahy Habsburků. Podporována je výstavba nepřeberného množství katolických chrámů, a ty bylo potřeba také naplnit hudbou. Duchovní a varhanní hudba je těžištěm tvorby převážné většiny českých skladatelů tohoto období:
Významných představitelem přechodu mezi renesancí a barokem je skladatel, básník a vzdělanec Adam Václav Michna z Otradovic (1600?-1676). Snažil se aktivně bojovat proti úpadku a pokleslosti kulturního života v období po bitvě na Bílé hoře (1621), po které ze země odešla velká část evangelických intelektuálních i kulturních elit. Svou neúnavnou prací se stal iniciátorem nového rozmachu české barokní hudby a vzorem pro další generace skladatelů. Michna komponoval v italském raně barokním slohu, užívá však často i prvky renesanční. Z dochovaným 230 skladeb je valná většina duchovní povahy. Kromě latinských textů s oblibou zhudebňoval i vlastní česky psanou poezii.
Významnou postavou středního baroka je skladatel Pavel Josef Vejvanovský (1640-1693). Působil jako dvorní trubač, varhaník a později i jako vedoucí ve dvorní kapele olomouckého biskupa. Psal jak světskou instrumentální hudbu (především pro dechové (žesťové) nástroje), tak i hudbu pro chrámové účely. Celkem se dochovalo kolem 120 skladeb. Kompozičně vychází z modálních principů doplněnými bohatou melodikou se zřetelnými lidovými kořeny moravské hudby.
Kolegou Pavla Vejvanovského v olomoucké kapele byl dva roky česko-rakouský skladatel Heinrich Ignaz Franz Biber (1644-1704). Záhy však odešel do Rakouska, kde získal místo kapelníka salzburského arcibiskupského dvorního orchestru. Psal především instrumentální skladby (sonáty) a duchovní hudbu.
Nejvýznačnějším autorem barokního období je bezesporu Jan Dismas Zelenka (1679-1745). Hudební vzdělání obdržel Zelenka v Praze, již v roce 1710 však odešel do Drážďan, kde ve službách tamního knížecího dvora jako kontrabasista a později i jako dvorní skladatel strávil celý svůj umělecký život. Kvalitou svých nekonvenčních děl je často srovnáván i J. S. Bachem. Ve své tvorbě se Zelenka věnoval především velkým duchovním vokálně-instrumentálním formám. Dodnes se dochovalo přes 250 skladeb.
für Violine und Generalbass
Heft I: Sonata I - V
Obsazení: housle, basso continuo
Klavírní partitura, hlasy
Číslo položky: 303536
Obsazení: trubka, smyčce, basso continuo
Stimmensatz
Číslo položky: 174325
Magdeburger Faksimile Offizin (Facsimile)
Obsazení: 2 flétny, basso continuo
Stimme, Faksimile
Číslo položky: 473329
for soli, mixed chorus, 2 violins, 2 violas, 2 cornetti, 3 sackbutts, 4 trumpets, timpani and bc
Obsazení: sóla, smíšený sbor (SATB), nástroje
Partitura
Číslo položky: 615819
Sacred music from Salzburg
Obsazení: 5 sólových hlasů (SSATB), smíšený sbor (SSATB), orchester, basso continuo
Partitura
Číslo položky: 141997
à 26 in concerto
Obsazení: smíšený sbor (SSAATTBB), orchestr, varhany
Partitura
Číslo položky: 160173
für Violine und Generalbass
Heft III: Sonata XI - XVI
Obsazení: housle, basso continuo
Klavírní partitura, hlasy
Číslo položky: 304640
Obsazení: smyčcový orchestr
Partitura, hlasy
Číslo položky: 1385700
Obsazení: varhany, orchestr
Sada hlasů
Číslo položky: 460219
Obsazení: Organ or Harpsichord
Kniha
Číslo položky: 579423
Denkmaeler Der Tonkunst In Oesterreich Bd 25~Dtoe 25
Obsazení: housle, klavír
Číslo položky: 103420
Denkmaeler Der Tonkunst In Oesterreich 153~Dtoe 153
Obsazení: housle, klavír
Partitura, hlasy
Číslo položky: 131824
Denkmaeler Der Tonkunst In Oesterreich 153~Dtoe 153
Obsazení: housle, klavír
Partitura, hlasy
Číslo položky: 1672476
Denkmaeler Der Tonkunst In Oesterreich 106/107~Dtoe 106/107
Obsazení: INST (6-8)
Partitura
Číslo položky: 103495
Denkmaeler Der Tonkunst In Oesterreich 97~Dtoe 97
Obsazení: 2 VL VA VIOLONE BC
Partitura
Číslo položky: 103488
Obsazení: smyčcový orchestr
Partitura, hlasy
Číslo položky: 1378444
für Soli, gem Chor und Orchester (1692)
Obsazení: 5 sólových hlasů (SSATB), smíšený sbor (SSATB), orchester, basso continuo
Partitura
Číslo položky: 642046
Obsazení: Trumpet or Cornet & Orchestra
Noty
Číslo položky: 1636940
vom Ende des 18. Jahrhunderts bis zum Jahr 1945
Wiener Schriften zur Stilkunde und Aufführungspraxis – Sonderband
Kniha (softcover)
Číslo položky: 773193
für Klavier u. Orchester
Obsazení: CEMB ORCH / STR HARM
Sada hlasů
Číslo položky: 269137
Obsazení: symfonický orchestr
Partitura
Číslo položky: 1214040
Score Recent Researches In The Music Of Baroque Era, 107
Obsazení: 4 sólové hlasy (SATB), smíšený sbor (SATB), orchestr, varhany
Partitura
Číslo položky: 671817
Obsazení: Violine und Streichorchester; 2 Hörner ad libitum
Stimmensatz
Číslo položky: 211121
op. 10/1
Obsazení: cembalo [klavír], smyčcový orchestr
Stimmensatz
Číslo položky: 205237
Obsazení: smíšený sbor, smyčce, basso continuo
Partitura
Číslo položky: 1160777
Obsazení: smíšený sbor, smyčce, basso continuo
Partitura
Číslo položky: 1160778
Concertino
Obsazení: klarinet, orchestr
Sada hlasů
Číslo položky: 167001
From 12 Heroic Marches
Obsazení: brass band
Partitura, hlasy
Číslo položky: 686120
From 12 Heroic Marches
Obsazení: brass band
Partitura, hlasy
Číslo položky: 763568
Denkmaeler Der Tonkunst In Oesterreich 151~Dtoe 151
Obsazení: barokní orchestr
Partitura
Číslo položky: 131827
from 12 Heroic Marches
Obsazení: symfonický dechový orchestr
Partitura, hlasy
Číslo položky: 763382
Klassik
Obsazení: smyčcový orchestr
Partitura
Číslo položky: 898582
(Facsimile)
Obsazení: sóla, smíšený sbor, orchestr
Partitura
Číslo položky: 456860
Stimmen für Horn in Es, Trompete in Es und B
Urtextausgabe
Obsazení: trubka [lesní roh], smyčce, basso continuo
Partitura, hlasy (Urtext)
Číslo položky: 683950
zusammen mit Johann Heinrich Schmelzer ca. 120 Seiten
Partitura
Číslo položky: 310561
Denkmaeler Der Musik In Salzburg Bd 14
Obsazení: housle, basso continuo
Číslo položky: 561971
Wiener Edition Alter Musik
Obsazení: 4 sólové hlasy (SATB), smíšený sbor (SATB), orchestr, varhany
Partitura
Číslo položky: 615305
Streichorchester
Partitur und Stimmen
Obsazení: trubka, smyčcový orchestr
Partitura, hlasy
Číslo položky: 589449
Obsazení: 5 sólových hlasů (SSATB), smíšený sbor (SSATB), orchester, basso continuo
Sada hlasů
Číslo položky: 642006
Sacred music from Salzburg
Obsazení: 5 sólových hlasů (SSATB), smíšený sbor (SSATB), orchester, basso continuo
Sada hlasů
Číslo položky: 1669153
Wiener Edition Alter Musik
Obsazení: 4 sólové hlasy (SATB), smíšený sbor (SATB), orchestr, varhany
Partitura
Číslo položky: 310565
Wiener Edition Alter Musik
Obsazení: sóla, smíšený sbor, orchestr
Partitura
Číslo položky: 209753